Para quem está começando.
Este é um dos mais completo para downloads de apps. mac, linux, windows, etc…
http://sourceforge.net
Para compilar e intalar uma porrada de apps. nix
www.macports.org ou www.finkproject.org
Linha de comando do OSX
Este tópico será utilizado para sugerir links para o tópico fixo: Links úteis para quem está começando no mundo Apple
Desta forma o tópico principal ficará sempre organizado e não será necessário percorrer páginas e páginas para localizar uma informação.
Gentileza não utilizar este tópico para postar dúvidas. 
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Lista atualizada.
O site que mais uso para ver atualizações de aplicativos MAC e também Windows é o: